Les actions menées par l'AEPU s'appuient, entre autres, sur plusieurs groupes de travail..

Ces groupes sont constituées d'adhérent(e)s et traitent des sujets d'actualités qui concernent directement le travail des enseignant.e.s chercheur.e.s en psychologie à l'université. Que ce soit pour l'application de la loi ORE, la mise en place de parcoursup, les conséquences de la loi Jardé et les comités d'éthique et de recherche, la conception des maquettes d'enseignements, les référentiels de compétences, la nomenclature des masters, la place du doctorat et des qualifications au CNU, la réforme des psychologues de l'éducation nationale, la refonte du code de déontologie du psychologue, l'allongement des études de psychologie et encore bien d'autres thèmes, l'AEPU constitue des groupes de travail afin de porter le point de vue concerté  des enseignants chercheurs de psychologie.